وزارت تحصیلات عالی طالبان اعلام کرده است که در هر دانشگاه دولتی یک ملاامام مسجد و یک مبلغ استخدام می‌کند. هدف این گروه، این است که مبلغان‌شان به استادان دانشگاه‌ها «عقیده راسخ و قواعد تجوید و نماز خواندن» یاد بدهند. عبدالباقی حقانی، سرپرست وزارت تحصیلات عالی طالبان، پیش از این نیز گفته بود از کسانی که طی بیست سال اخیر فارغ شده‌اند، هیچ انتظاری نمی‌توان داشت. او به‌صراحت گفته بود که طالبان هرچند ماستری و دکترا ندارند، اما بهتر از همه‌اند. این گروه با سلطه بر افغانستان، ساحت و قلمرو همه نهادهای اکادمیک را تصرف کرده و آن را با مدیریت یک مدرسه دینی و قشله نظامی اشتباه گرفته‌اند؛ ورنه در همه جای دنیا، دانشگاه را به‌عنوان یک سر‌زمین تلقی می‌کنند که برای خود یک تمامیت دارد و دانش بر این تمامیت حکم‌فرمایی می‌کند. اما شور‌بختانه دانشگاه‌های افغانستان چندین دهه است که هزینه ایدیولوژی دولت‌های ایدیولوژیک را می‌پردازند و نتوانسته‌اند هستی و چیستی و هویت اکادمیک خود را مستقل از سیطره ایدیولوژی دولتی تعریف کنند و به استقلال و فرهنگ دانشگاهی برسند.
دانشگاه‌های افغانستان از کودتای هفت ثور ۱۳۵۷ به بعد در هر دهه گرفتار ایدیولوژی مذهبی و سیاسی شده‌اند. به همین دلیل استقلال نسبی و کیفیت آموزشی و کادرهای خویش را به مرور زمان از دست دادند. این نهادها در زمان حاکمیت نخست طالبان به‌گونه کامل در پرتگاه نابودی قرار گرفتند. در طول دو دهه گذشته به رغم مشکلاتی که در نصاب درسی و آموزشی دانشگاه‌ها وجود داشت، اما به یمن آزادی آموزش، تکنولوژی و دانش معاصر، وضعیت رو به بهبود بود و انتظارات وجود داشت که با توسعه قلمرو دانش، این نهادها می‌توانند خود را از وابسته‌گی مالی، انسداد اجتماعی و ابزار ایدیولوژیک برهانند و با استفاده از فناوری جدید و دانش مدرن خود را همسو با کاروان توسعه دانش سازند. با فروپاشی نظام سیاسی، نظام تحصیلی نیز فروپاشید. دانشگاه‌های کشور اکنون در یک فضای تنگ و نفس‌گیر طالبانی نفس می‌کشند و نمی‌توانند تحت سلطه این گروه به دانش مبتنی بر عقلانیت مدرن و نقادی رهایی‌بخش از محدودیت‌ها و انسدادهای فکری منجمد و قالب‌بندی شده این گروه فکر کنند. سیطره ایدیولوژی به‌ویژه ایدیولوژی مذهبی، به‌شدت بر نهادهای اکادمیک ویرانگر و بنیاد‌بر‌افکن است و سبب می‌شود که تفکر قالب‌بندی شده مذهبی بر ساحت دانش حکم‌فرمایی کند و پاردایم فکری در تضاد با دانش و خصلت رهایی‌بخشی و نقادی دانش مدرن قرار داشته باشد. این گروه با رفتارهای‌شان می‌نمایاند که آنان به علوم انسانی و طبیعی به‌مثابه علم رفتار نمی‌کنند و تنها علوم دین، علوم پایه و کلیدی برای آنان است. بنابراین اگر به بایسته‌های علمی به‌گونه آزاد رفتار صورت نگیرد و علم به‌مثابه علم شناخته نشود، جایگاه نهادهای دانشگاهی در سطح یک مدرسه دینی که در آن جهان را فقط به قلمرو کفر و مسلمان می‌بیند و خبری از دانش مدرن نیست، تقلیل خواهد داد. استخدام مبلغان دینی برای استادان دانشگاه‌ها و افزایش واحدهای درسی مضمون ثقافت اسلامی، بر این نگرانی‌ها می‌افزاید که بعد از این دانشگاه‌های کشور نمی‌توانند اطلاعاتی را به دانشجویان انتقال بدهند که به قول همبولت از نوع دانش مدرن باشد و به گفته بوردیو دانشجویان توانایی «تمایز‌بخشی» را پیدا نخواهند توانست. هرچند دانشگاه‌های دولتی کشور پیش از این نیز با برنامه‌ریزی‌های ناقض در اختیار افکار منجمد شده پیشامدرن قرار داشتند و نتوانستند «خرد خود‌بنیاد» را نهادینه سازند و آزادی علمی و استقلال دانشگاهی را حفظ کنند، ولی با آن هم در جدال دانش و سنت، دانش مقام پیش‌رونده‌تر داشت.
وزارت تحصیلات عالی طالبان در حالی از استخدام مبلغان دینی برای دانشگاه‌های کشور خبر می‌دهد که از فرار مغزها و استادان دانشگاه‌ها، کوچک‌ترین ابراز نگرانی به میان نیاورده است. در حال حاضر حدود ۲۰۰ تن از استادان دانشگاه‌های مختلف کشور که برای ادامه مقاطع تحصیلی ماستری و دکترا به کشور مالیزیا رفته‌اند، در بی‌سرنوشتی به سر می‌برند. شمار زیادی از آنان می‌گویند که هزینه دانشگاه و مصارف غذا و تحقیقات علمی خویش را ندارند و این وزارت با آنان همکاری نمی‌کند. در چنین وضعیتی، بزرگ‌ترین دغدغه و گره کور کار وزارت تحصیلات عالی طالبان، در عدم تجوید خواندن و سستی عقاید استادان دانشگاه‌ها جست‌وجو می‌شود، در حالی که معاش کادری استادان چهل درصد و معاش مسلکی‌شان پنجاه درصد کاهش یافته است. طالبان به جای پرداخت معاش مسلکی و کادری استادان، برای‌شان مبلغ دینی استخدام می‌کنند. چنین امری در تمام دنیا و به‌ویژه در کشورهای اسلامی بی‌سابقه است. وزارت تحصیلات عالی طالبان در یک سال گذشته استادان زیادی را تحقیر و توهین کرده است. از تعیین تکلیف در آراسته‌گی و پیراسته‌گی استادان شروع تا نحوه اندیشیدن و تدریس کردن آنان پیوسته مورد نکوهش و تحقیر این گروه و حتا جنگ‌جویان‌شان قرار گرفته است. از سوی دیگر استخدام مبلغ برای یک کادر علمی که آراسته با زیور دانش و آگاهی است، در واقع توهین به ساحت دانش و قلمرو دانشگاه به حساب می‌رود که چنین برخوردی مجال اندیشیدن و فکر کردن را از نهادهای علمی و تحصیلی می‌گیرد.
سیطره ایدیولوژی بر نهادهای تحصیلی، سیاست آموزشی و ساختار عقب‌مانده فعلی را نیز به بن‌بست می‌کشاند و آزادی علمی و اخلاق حرفه‌‌ای به‌ویژه فرهنگ دانشگاهی را دچار بحران عمیق می‌کند. کار وزارت تحصیلات عالی در تمام دنیا فراهم‌آوری تسهیلات، بسترسازی برای توسعه دانش مدرن و مساعد ساختن زمینه خرد‌باوری است. توصیه‌های اخلاقی و ایدیولوژیک برای استادان و دانشگاهیانی که زنده‌گی در پرتو دانش را تجربه می‌کنند، نه‌تنها کارساز نیست، بلکه توهین به یک استاد دانشگاه نیز تلقی می‌شود و جوابگوی اقتضائات دانش زمان نیست. بنابراین، اگر طالبان به فکر آینده ملک و مردم هستند، نباید بیشتر از این مسبب بحران و خلق مشکلات شوند. توهمات و دین‌خویی‌های مفرط آنان در نهادهای دانشگاهی و پافشاری بر ایدیولوژی و تأکید بر نگاه تعصب‌آمیز، حاصلی جز رشد تقابل روز‌افزون و افراطیت مذهبی نخواهد داشت.